Czas sukcesów …
Dekadę lat dziewięćdziesiątych piłkarze rozpoczęli mocnym akcentem. W sezonie 1990/1991 ponownie udało się awansować do drugiej ligi. Niestety, podobnie jak przy pierwszym podejściu, pobyt w tej klasie rozgrywkowej trwał zaledwie jeden sezon.
Po tym sezonie nad klubem zgromadziły się czarne chmury, notując nawet spadek do IV ligi. Po powrocie do III ligi w sezonie 1998/99, piłkarze pozostali w niej do czerwca 2008 r. Wówczas pod wodzą trenera Jarosława Araszkiewicza, „Sandecja” wywalczyła awans do II ligi wschodniej (po reformie – trzeci poziom rozgrywek w Polsce).
Jeszcze jesienią tego roku podczas Walnego Zgromadzenie Sprawozdawczo Wyborczego Członków „MKS Sandecja”, powierzono sterownictwo klubu Andrzejowi Dankowi, znanemu miejscowemu przedsiębiorcy. W sezonie 2008/09 r. „Sandecja” pod wodzą Roberta Moskala zajęła 2 miejsce w II lidze grupy wschodniej, i po raz trzeci w swojej historii wywalczyła awans do drugiego poziomu piłkarskich rozgrywek w Polsce (po reformie I liga), w której pozostali do sezonu 2016/2017 awansując po raz pierwszy w swojej historii do Ekstraklasy, co na dzień dzisiejszy jest naszym największym sukcesem.
